Кафедра хирургии ФПК и ППС была создана 06.09.1985 г. (приказ №111) в результате реорганизации кафедры факультетской хирургии, а заведующим кафедры единогласно был избран член-корреспондент АМН СССР, профессор Р.П. Аскерханов. Основными базами кафедры являлись отделения абдоминальной, торакальной и сосудистой хирургии РКБ, где были развернуты 160 коек. В период заведования кафедрой профессором Р.П. Аскерхановым (1985-1987 гг.) были окончательно сформированы цели и задачи усовершенствования хирургических кадров. Наряду с хирургами республики на курсах усовершенствования обучались врачи-хирурги других регионов Российской Федерации. Основные научно — исследовательские направление работы коллектива кафедры: паразитарные заболевание печени, как краевая патология региона (проф. С.П. Гайбатов, асс. М.М. Махатилов, М.Ш. Шарапудинов), хирургические заболевание печени (проф. А.С. Джанбулатов), мочекаменная болезнь (проф. Н.Г. Мартиненко), паразитарные заболевание легких (доц. У.Б. Атаев), тромботические заболевания сосудов (доц. М.З. Загидов, асс. З.М. Закариев). С 1987 по 2002 гг. кафедру возглавлял проф. А.З. Магомедов. Базами кафедры стали хирургические отделения №1 и №2 городской больницы №2. В эти отделения преимущественно госпитализировались пациенты с экстренной хирургической патологией. С 1993 года на базе кафедры хирургии открыт курс усовершенствования врачей травматологов-ортопедов. Заведующим курсом был назначен доктор медицинских наук, профессор А.А. Абакаров. С 2002 по 2015 гг. кафедрой хирургии ФПК и ППС заведовал проф. А.О. Османов. Основной научной проблемой разрабатываемой сотрудниками кафедры, является вопросы экстренной абдоминальной хирургии. Подготовлены и защищены две докторские (Р.М. Газиев, М.К. Абдулжалилов), две кандидатские (М.А. Джамбулатов, С.М. Магомедова) диссертации. При кафедре хирургии ФПК и ППС в 2005 году была открыта лаборатория функциональной диагностики, оснащена современной медицинской аппаратурой. С этого же года на кафедре открыты курсы усовершенствование по ультразвуковой диагностике, преподаватели — к.м.н., асс. Газимагомедова С.А., к.м.н., асс. Ибрагимова М.И. С 2006 года при кафедре организовано повышение квалификации врачей-трансфузиологов и врачей по эндоскопической хирургии. В связи с открытием при кафедре курса эндоскопической хирургии кафедра переименована в кафедру хирургии с курсом эндоскопической хирургии. Заведовал курсом эндоскопической хирургии д.м.н., доцент Хамидов М.А. С сентября 2015 года кафедру возглавляет д.м.н. М.Р. Иманалиев, главный врач РКБ ЦСЭМП. Заведующий учебной частью кафедры д.м.н., доцент Магомедов М.А. В настоящее время научный потенциал кафедры – 4 профессора, 7 доктора наук, 6 кандидатов наук.